Σε περίπτωση που δεν καταστεί δυνατή η ηλεκτρονική εγγραφή εισακτέου για οιονδήποτε λόγο (π.χ. μη κατοχή Α.Μ.Κ.Α. ή αριθμού κινητού τηλεφώνου, ανωτέρα βία, σοβαρή ασθένεια, στράτευση ή απουσία στο εξωτερικό, θεομηνία ή άλλο σπουδαίο λόγο εξαιτίας του οποίου δεν κατέστη δυνατή η εμπρόθεσμη ηλεκτρονική εγγραφή), είναι δυνατή η εγγραφή μετά την πάροδο της προθεσμίας υποβολής της ηλεκτρονικής αίτησης, ύστερα από αίτηση του εισακτέου, στην οποία εκτίθενται οι λόγοι της καθυστέρησης. 

Σε αυτήν την περίπτωση, η διαδικασία εγγραφής πραγματοποιείται με υποβολή της αίτησης απευθείας προς τη Γραμματεία του Τμήματος ή της Σχολής είτε με φυσική παρουσία, είτε με τη χρήση ηλεκτρονικών μέσων (π.χ. υποβολή της αίτησης μέσω μηνύματος ηλεκτρονικού ταχυδρομείου ή ειδικά σχεδιασμένης πλατφόρμας) είτε με ταχυδρομική αποστολή. Κατά τη χρήση ηλεκτρονικών μέσων ή ταχυδρομικής αποστολής, για την ολοκλήρωση της εγγραφής απαιτείται η υποβολή υπεύθυνης δήλωσης του επιτυχόντος και αιτούντος την εγγραφή, η οποία εκδίδεται μέσω του ιστότοπου www.gov.gr ή φέρει φυσική υπογραφή με βεβαίωση του γνησίου αυτής, στην οποία θα δηλώνει ότι όλα τα στοιχεία και τυχόν δικαιολογητικά που υποβάλλει, είναι ακριβή και αληθή.

Η εν λόγω εκπρόθεσμη αίτηση εγγραφής υποβάλλεται εντός αποκλειστικής προθεσμίας σαράντα πέντε (45) ημερών από την ημερομηνία λήξης της προθεσμίας υποβολής της ηλεκτρονικής αίτησης εγγραφής. Η εγγραφή ολοκληρώνεται ή μη, με αιτιολογημένη απόφαση του αρμόδιου οργάνου του Τμήματος ή της Σχολής. 

Τυχόν επιτυχόντες, που δεν εγγράφηκαν ούτε με αυτή τη διαδικασία, χάνουν το ως άνω δικαίωμα εγγραφής.